Часто пишут, что слово подноготная 'тщательно скрываемые подробности чего-либо' происходит «от названия старинной пытки запускания игл, гвоздей под ногти допрашиваемого в целях принуждения к полным, правдивым или желаемым показаниям» (БТС). Однако документальных подтверждений, что такое название пытки существовало, не обнаруживается. Скорее всего, эта версия была просто придумана в XIX веке.
Этимологи предложили несколько альтернативных гипотез. Например, Н. И. Толстой сопоставлял выражение узнать всю подноготную с болгарскими познавам му и черното под ногтите 'вижу его насквозь', разпитам го и за калта под ногтите му 'расспрашиваю его во всех подробностях', в которых чернота или грязь под ногтями служат обозначением крайне малого количества, то есть выражения значат «знаю о нем / спрашиваю его обо всем до мельчайших подробностей», соответственно узнать всю подноготную тоже значит «узнать всё до мельчайших деталей». Но и этой версии недостает документальных подтверждений.
А. Б. Страхов предположил, что изначально слово выглядело как поднаготная, а не как подноготная, и было образовано от существительного нагота, так же как высотный от высота, частотный от частота. Первоначальное значение слова он понимал как «скрытое под наготой, то есть под тем, что находится ближе всего к человеку, самое сокровенное». В этом случае кажется странной связь идеи скрытости с наготой.
Наиболее обоснованной версией мне кажется этимология, предложенная Татьяной Владимировной Шалаевой в статье 2013 года в журнале «Русский язык в научном освещение», дополненный вариант статьи вошел в ее книгу «Славянские этимологии» (2024). Татьяна Шалаева соглашается с тем, что изначально слово выглядело как поднаготная и было образовано корня наг-. Она сопоставляет это слово с наречием поднаготную 'полностью, до конца' из русских говоров Алтая (хлеб убираем поднаготную), есть близкий пример в записях псковских говоров: jон фс'о поднаготна в'ид'ит. Аналог таких наречий только с другим корнем — слова подчистую, подчисто в значениях 'без остатка, полностью, целиком'.
Таким образом, изначально слово поднаготную было наречием со значением 'всё, до конца, полностью' и использовалось в сочетаниях типа узнать / рассказать всё поднаготную, то есть всё до конца, без утайки, всю правду. Затем из-за созвучия со словом ноготь поднаготную превратилось в подноготную, а потом наречие было воспринято как форма винительного падежа прилагательного женского рода. В результате и появилось слово подноготная.