Вопрос не в том, почему инфузория названа туфелькой, а в том, когда появилось такое название.
Туфельками называют некоторых инфузорий из рода Paramecia, прежде всего — Paramecia caudata. Название дано за вытянутую форму одноклеточного существа, напоминающую след обутой ноги.
Видимо, ответственным за такое название стал французский преподаватель математики и натуралист Луи Жобло ( Louis Joblot, 1645 – 1723), который в 1718 опубликовал описание увиденного им микроскопического существа (как он говорил, «рыбки», poisson) в настое дубовой коры. Жобло назвал это существо словом chausson, которое обозначает мягкую обувь без задника.
Новости об открытиях микромира быстро распространялись, а с ними и новые названия. В частности в английском называли slipper animacule. Слово animacule (от латинского animacula) использовал редактор журнала «Философские труды Королевского общества» Генри Ольденбург для передачи голландских слов, которыми Антони ван Левенгук называл обнаруженных им существ. У Левенгука они назывались dierken; diertgens или diertjes — всё это слово dier 'зверь, животное' с разными вариантами уменьшительного суффикса. Иногда Левенгук писал kleine dierken 'маленькая зверюшка' или даже zere kleine dierken 'очень маленькая зверюшка'. В английском языке слово animacule использовалось до середины XIX века. Помимо инфузорий туфелек slipper animacules, были также названия sun animacules для солнечников (Heliozoa), wheel animacules для коловраток (Rotifera), trumpet animacules для инфузорий трубачей (Stentor), bell animacules для инфузорий сувоек (Vorticella).
Помимо английского slipper animacule аналогичные названия возникли в других языках: нидерландское pantoffeldier или pantoffeldiertje, немецкое Pantoffeltierchen, финское tohvelieläin, шведское toffeldjur, болгарское чехълче, польское pantofelek, японское zōrimushi (草履虫, от названия дзори — традиционной соломенной обуви), китайское cǎolǚchóng (草履蟲), корейское jipsinbeolle (짚신벌레), вьетнамское trùng giày или trùng đế giày, малайское haiwan kasut. Ну и русское туфелька, которое несколько отличается от прочих названий, обозначающих обувь без задника, так что исторически вернее было бы говорить «инфузория-тапочек» или «инфузория-щлёпанец». Кто ввел русское название, я пока не знаю. В «Зоологии» Павла Горянинова (1837) инфузория туфелька зовется парамика (от Paramecia).